Jonny Quest y Hadji han viajado a un futuro lejano y se encuentran cara a cara con un Space Ghost furioso. Ahora, el misterio de cómo lo lograron cobra protagonismo. Mientras tanto, en la Nevada de los años 60, los compañeros de Space Ghost, Jan y Jace, son visitantes de la misteriosa Área 51. Por suerte para ellos, el Dr. Quest está allí para investigar el motivo de su desplazamiento. Ahora, si tan solo pudieran mantenerse un paso por delante de los militares. Y, una vez más en el futuro, Jonny y Hadji ven por primera vez a uno de los enemigos más letales de Space Ghost.