Las acciones de las gemelas trajeron a Megaguirus al presente. Por un giro del destino, se dan cuenta de que esta acción creó un bucle, y Megaguirus es en realidad el responsable de debilitar a Mothra lo suficiente como para que pereciera a manos de Antra. Su nueva Mothra aún no está lista para su revancha contra Megaguirus, así que Emi y Mira idean su plan más audaz hasta el momento: entrenar a Mothra con una revancha contra su asesina, Antra. ¿Sobrevivirá Mothra a este mortal enfrentamiento de kaijus? Y si lo hace, ¿será suficiente para salvar al mundo?