El caótico viaje escolar continúa mientras Negi Springfield y sus treinta y una hermosas alumnas exploran las históricas ciudades de Kioto y Nara. El mayor quebradero de cabeza de Negi es Konoka, la nieta del director, ¡quien resulta tener poderes mágicos! Aunque ella lo desconoce, los demás sí... y Konoka es secuestrada por un grupo de magos que planean corromper sus incipientes talentos. Negi va a necesitar toda la ayuda posible, incluso si proviene de un antiguo enemigo...